Respuesta corta

• Efectivo y bancos (transferencias, consignaciones, datáfono): son diarios. Créalos en Contabilidad › Configuración › Contabilidad › Diarios con tipo Banco o Efectivo. Los eliges al pulsar Pagar en una factura.
• Pagos en línea (tienda o enlace de pago): Contabilidad › Configuración › Proveedores de pago. Mercado Pago está disponible; actívalo con las credenciales de tu cuenta.
• Punto de venta: si tu plan lo incluye, la caja usa los Métodos de pago (Efectivo, Banco, Tarjeta) ligados a esos diarios.

Confirma con tu contador la cuenta contable de cada diario.